Metody Bioinformatyki - Tematy Projektów

Podstawowe informacje

Formalne informacje o projekcie (terminy, zasady zaliczania, skład osobowy, itp.) można znaleźć tutaj: MBI - projekt
W przypadku korespondencji mailowej proszę o rozpoczynanie tytułów wiadomości tekstem: "[MBI]".
Ze swojej strony zwracam uwagę na terminy i kary związane z opóźnieniami.

Dodatkowe zalecenia

• Z reguły nie jest narzucony konkretny język programowania ani środowisko (z wyjątkiem zalecenia w przypadku grupy projektów nr 1 oraz jeśli nie jest uszczegółowione inaczej). Warto nie ograniczać realizacji do jednej platformy.
• Przy realizacji projektów można korzystać z zewnętrznych bibliotek i narzędzi, jednak należy mieć na uwadze, że nie wolno używać oprogramowania nielegalnego, ani gotowych rozwiązań.
• Dodatkowymi atutami rozwiązań są: wieloplatformowość, pokrycie testami, analiza wydajnościowa, wygoda korzystania ze stworzonego oprogramowania.
• Zalecany format pliku dokumentacji to PDF.
• Warto korzystać (jak w przypadku tworzenia każdego projektu informatycznego) z systemu kontroli wersji np. Git.
• Proszę o przygotowanie listy z kolejnymi etapami projektu, co i kiedy zostanie zrealizowane.
• Ostatnim rozdziałem dokumentacji powinna być bibliografia.

Lista projektów 2014Z

1. Grupa projektów: Program demonstracyjny
   

   Napisać aplikację, która pozwala zrozumieć działanie wskazanego algorytmu. Pożądane jest, aby aplikacja mogła być uruchamiana na dowolnej platformie/maszynie. Użytkownik może wprowadzić własne dane i śledzić (krok po kroku) sposób wykonywania obliczeń. Wybierając to zadanie proszę wskazać algorytm, który będzie obrazowany. Przykłady algorytmów:

   1. badanie podobieństwa dwóch sekwencji, Smitha-Watermana z afiniczną funkcją kary za przerwę Zajęty Zespół: Patrycja Bednarczyk, Anna Kaźmierczak, Paweł Jóźwicki
   2. badania podobieństwa dwóch sekwencji o liniowym koszcie pamięciowym, Myers-Miller Wolny
   3. obliczania macierzy podobieństwa metodą BLOSUM Zajęty Zespół: Artur Latoszewski, Michał Laszkowski, Mirosław Granacki
   4. wyszukiwania sekwencji podobnej do danej metodą FASTA Zajęty Zespół: Maciej Chotkowski, Bartłomiej Kowalczyk
   5. badania podobieństwa trzech sekwencji, metodą programowania dynamicznego, z liniową funkcją kary za przerwę Wolny
   6. badania podobieństwa trzech lub więcej sekwencji metodą progresywną Wolny
   7. wyszukiwania motywów dla zbioru sekwencji metodą wyszukiwania mediany Wolny
   8. generowania profili genetycznych dla danej mieszaniny i określonej liczby osób Wolny
   9. generowania profili genetycznych dla danego zbioru haplotypów Wolny
   10. obliczania najbardziej prawdopodobnych haplotypów dla danej grupy profili genetycznych Wolny
   11. rozwiązywanie problemu częściowego strawienia Wolny
   12. obliczanie sekwencji na podstawie odczytów metodą grafu pokrycia Wolny
   13. obliczanie sekwencji na podstawie odczytów metodą grafu de Bruijna Wolny
   14. dekodowania Viterbiego, oblicza ciąg stanów dla ukrytego modelu Markova Wolny
   15. dekodowania Bauma-Welcha, oblicza ciąg stanów dla ukrytego modelu Markova Wolny
   16. obliczanie prawdopodobieństwa ciągu obserwacji dla ukrytego modelu Markova metodą prefiksową Wolny
   17. obliczanie prawdopodobieństwa ciągu obserwacji dla ukrytego modelu Markova metodą sufiksową Wolny
   18. redukcja wymiarów za pomocą metody PCA Wolny
   19. grupowanie metodą najbliższych sąsiadów Zajęty Zespół: Bartosz Dobrzyński, Lech Cieślik
   20. grupowanie hierarchiczne Wolny
   21. obliczanie struktury drugorzędowej metodą Nussinov Wolny
   22. obliczanie struktury drugorzędowej metodą Zukera Wolny
   23. inny algorytm (należy podać jaki) Wolny

2. Projekt: assembler DNA, graf de Bruijna
   Status: Zajęty Zespół: Maciej Krysztofiak, Jan Zarzycki, Marcin Konefał

   Aplikacja prostego assemblera DNA, dostarcza wynikowego napisu na podstawie krótkich pod-napisów o danej długości, które się nakładają. Wykorzystać algorytm grafu de Bruijna (patrz wykład o sekwencjonowaniu DNA).

3. Projekt: assembler DNA, sparowane końce
   Status: Zajęty Zespół: Joanna Ochodek, Karolina Sudoł

   Aplikacja do ustalania kolejności kontigów i tworzenia scafoldów. Dla danego zbioru kontigów oraz sekwencji PET (patrz wykład o sekwencjonowaniu) obliczyć kolejność kontigów. Algorytm może być zachłanny, tzn. badać wszystkie permutacje, chociaż zachęcam do próby użycia własnej heurystyki.

4. Projekt: Implementacja algorytmu Smitha-Watermana z afiniczną funkcją kary za przerwę w środowisku równoległym
   Status: Zajęty Zespół: Joanna Walkiewicz, Katarzyna Domańska, Jakub Rozbicki

   Badanie podobieństwa dwóch sekwencji, Smitha-Watermana z afiniczną funkcją kary za przerwę.
   Implementacja powinna zostać zrealizowana w sposób równoległy. Preferowane środowisko CUDA/OpenCL.

5. Projekt: Implementacja algorytmu badającego podobieństwo trzech sekwencji w środowisku równoległym
   Status: Zajęty Zespół: Mateusz Brzozowski, Paulina Szubarczyk, Maciek Tenderenda, Jakub Janeczko

   Aplikacja wykorzystuje programowanie dynamiczne i oblicza najlepsze dopasowanie dla trzech podanych sekwencji.
   Implementacja powinna zostać zrealizowana w sposób równoległy. Preferowane środowisko CUDA/OpenCL.

6. Projekt: algorytm Nussinov do obliczania struktury drugorzędowej DNA/RNA wraz z efektowną wizualizacją wyników.
   Status: Zajęty Zespół: Łukasz Dałek, Szymon Michalski

   Aplikacja oblicza strukturę drugorzędową cząsteczki DNA lub RNA wykorzystując algorytm Nussinov (opis algorytmu - wykład o strukturach drugorzędowych RNA). W przypadku realizacji tego projektu duży nacisk ma zostać położony na wizualizację obliczonej struktury drugorzędowej.

7. Projekt: Własny
   Status: Wolny

   Istnieje możliwość zaproponowania i realizacji własnego projektu, do czego, gorąco, zachęcam. Tematyka projektu powinna wiązać się z tematyką wykładu. Złożoność projektu powinna być porównywalna do tematów w obecnej liście.

Ostatnia aktualizacja: 2014-10-31 02:08